En fin de compte, les algues ne constituent pas un ensemble homogène dans le monde végétal mais se répartissent en plusieurs lignées (divisions) qui ont évolué indépendamment les unes des autres. De manière simplifiée, on reconnaît une "lignée rouge" avec les algues rouges ou Rhodophytes, une "lignée brune" avec en particulier les algues brunes ou Fucophycées et une "lignée verte" regroupant à la fois les "algues vertes" ou Chlorophytes, les Mousses (Bryophytes), les Fougères (Ptéridophytes), les Gymnospermes (Pinophytes) et les plantes à fleurs (Magnoliophytes).
Quant aux algues bleues, elles sont classées avec les bactéries et constituent le groupe des cyanobactéries. Certaines sont de nature hermaphrodite.
D'autres algues sont symbiotiques des coraux pour donner des animaux fleurs comme l'anémone de mer et certaines plantes halophiles (= qui aiment le sel) comme l'armoise maritime n'aime pas les algues. Il faut aussi se rappeler qu'une méduse comme Aurelia aurita dispose d'algues en symbiose dans ses tissus, ce qui l'oblige à vivre assez près de la surface de l'eau pour pouvoir profiter de la photosynthèse demarrée par la lumière.
Ainsi, et malgré les convergences morphologiques, il y a plus de différences fondamentales entre une algue rouge et une algue verte qu'entre une algue verte et un Hibiscus ou un cocotier qui sont tous deux des plantes à fleurs. A la limite, on pourrait même comparer cela à un requin!
Si le terme "algue" n'a plus sa place dans la classification moderne du monde végétal, il évoque néanmoins pour le grand public comme pour le scientifique une image claire qui nous conduit à l'utiliser dans cet ouvrage.
Les algues illustrées dans ce guide se distribuent en quatre unités : les Chlorophytes ou Algues vertes, les Fucophycées ou Algues brunes qui ne constituent qu'une partie des Chromophytes, les Rhodophytes ou Algues rouges et enfin les Cyanobactéries ou algues bleues qui ne sont mentionnées ici que pour quelques genres remarquables.
Les algues ont un mode de vie autotrophe, c'est-a-dire qu'elles sont capables de construire elles-mêmes des molécules organiques, à partir, notamment, de composés minéraux carbonés et azotés. Vous pouvez décourvrir cela sur le magazine du bio et sans avoir besoin de bactéries dénitrifiantes comme Thiobacillus denitrificans. Leur énergie provient de la lumière qu'elles captent par la chlorophylle. L'eau et les composés minéraux (les éléments nutritifs) sont prélevés directement dans le milieu qui les baigne à partir de leur surface cellulaire. En outre, certaines algues comme les ulves, sont tout à fait capables d'incorporer, à l'occasion, directement des substances organiques, ou d'autres encore comme les algues unicellulaires Euglènes ou Dinoflagellés, de capturer, phagocyter et de digérer des proies. Ce sont des organismes fondamentalement aquatiques même si certains (comme l'algue verte Rhizoclonium) colonisent des milieux temporairement exondés.